魏忠贤呈报：“据供词，天机阁原为南直书院清谈之社，后被逆党所用，密谋推举新主，以复所谓士人正统。”
黄道周听罢，不由冷汗涔涔。
朱由检冷笑一声：“书生误国，不输鞑虏。”随即钦定：“天机阁为逆党，凡涉足者，轻则充军，重则抄家，主谋者凌迟枭首。”
一时之间，京中风声鹤唳，士林缄口，文馆悄然遣散一批学士。太学更罢免十名讲官，另选忠勇之家子弟任之。
刘宗周上疏请宽罪从轻，朱由检回批二字：“不允。”
左光斗则闭门不出，黄道周上疏请赴辽东任教，朱由检准奏：“正好让你讲讲忠义，不是空谈。”
至此，东林党再不敢鼓噪时政，而是转趋低调观望。魏忠贤趁势布局，将三千空缺军职以忠勇之子填补，多为关外军功之家，军中风气焕然一新。
朱由检另下命令：“禁军不得集中，防其再聚私党。”
遂将原京营四十六营，划为东、西、南、北、中五大军区，各自独立，调令须经军政署三人同批，方可生效。
设“营哨总图”，交由太子亲制。营中士卒一人一册，役籍、军籍、粮籍三本归档，月报于内廷。
兵部尚书李若琏奏请：“应设军政监查司，凡将官三年一察，校尉五年一审，士卒亦不得私换营籍。”
朱由检允之，道：“军乃国器，不可存私。”
至是，朱由检将此案结卷，命太子每日审阅肃清署所送名册，并亲批处置意见。
更下诏：“太子当习政，非唯政事，亦须通军。军政不明，坐拥江山，亦为虚主。”
太子自此每日入兵部旁听，亲书营图，观火器试炼，巡仓、访兵，渐有风骨。文臣中，独有陈名夏上表称赞：“太子之志，非弱儒可比。”
肃军之余，朱由检仍不忘边防之要。
格物院呈“轮转火铳”新式试制图，朱由检批：“可试。”命送辽东五堡试用。
工部又奏：“营垒尚需六万石青砖、三十万斤铁器、八万斤火油。”
朱由检拍案：“准！南税方丰，北用为急。”
同时，命魏忠贤再调江南义银二十万两，拨辽东兵屯补给。
正当朝堂肃清、北地稳固之际，蜀中传来急报：
“张献忠残部趁乱南下，陷泸州，杀巡抚一人。”
朱由检听罢，命令即下：
“命孙传庭为川陕兵备总制，赍五百万两银入川，募兵五万，设蜀西清剿署，以靖西南。”
同时令李若琏肃军余波后，即刻南调援川，限三月定乱。
魏忠贤领旨，命东厂预设情报线，陈名夏亦奏：“请选三十名辽东忠勇营军士随军入川，以观用之。”
朱由检允之：“此三十人，当为军骨之起。”
赵率教领命入川，三十名辽东忠勇营士兵披甲随行，临行之日，朱由检亲至奉天门前赐酒。
“此去川中，山高路远，非良田美地，乃盗寇之窝。尔等为先行之刃，不为官，不为禄，只为天下安稳。”
三十名士兵跪地高呼：“誓死不辱天恩！”
鼓声震天，旌旗猎猎。正是春雨初歇之日，朱由检立于阶前，披龙袍未系玉带，只手扶栏，目送铁骑西去。