复活节岛的硝烟尚未散尽，新的危机已如汹涌潮水般席卷全球。守门人残魂消散后的联系上少年侦探团，却发现元太、光彦和步美也出现了轻微症状。往日总是大快朵颐的元太，面对最爱的鳗鱼饭却毫无食欲，只是机械地用筷子戳着米饭；痴迷恐龙知识的光彦，将恐龙模型扔在一旁，眼神空洞地望着窗外；活泼开朗的步美不再嬉笑打闹，只是安静地坐着，偶尔喃喃自语。这些细微的变化如同一记重锤，敲在柯南心上。“我们必须找到源头，切断这种同化的传播途径。”他握紧拳头，眼神坚定而冷峻，决心无论如何都要拯救伙伴们。
此时，先天失明少女再次展现出她特殊的能力。她静静地站在窗前，感受着空气中微妙的波动。突然，她的眉头紧锁，仿佛看到了什么可怕的景象。“我感觉到了，在地球的地幔深处，有一股强大的暗紫色能量正在涌动。”她用心灵“看”到，那股能量如同沉睡的巨兽，缓缓苏醒，而其源头似乎与那个手持暗紫色石碑的神秘人有关。少女将这一发现告知柯南和灰原哀，众人意识到，必须深入地幔探查，才能找到解决危机的关键。
“曙光终章号”经过阿笠博士的精心改装，具备了深入地球内部的能力。飞船启动时，引擎喷射出炽热的火焰，冲破地表，向着地幔深处进发。下降过程中，周围的温度和压力急剧上升，量子护盾发出刺目的光芒，抵御着来自地幔的强大能量冲击。舷窗外，暗红色的岩浆如汹涌的河流奔腾不息，其中不时闪烁着暗紫色的光点，仿佛整个地幔都变成了一个巨大的能量熔炉，散发着令人窒息的压迫感。
终于，在一处巨大的岩浆空洞中，他们发现了神秘人。他身披黑袍，宛如黑暗中的幽灵，手中的暗紫色石碑散发着令人心悸的光芒。石碑上的古老符号与世界各地出现的异常现象完全吻合，每一道纹路都仿佛在诉说着古老而邪恶的秘密。“欢迎来到意识重构的核心。”神秘人转过身，声音低沉而冰冷，仿佛来自地狱的召唤，“你们以为摧毁了守门人的残魂就能阻止一切？这块暗碑，才是打开终局之门的真正钥匙。”
话音未落，神秘人挥动石碑，周围的岩浆瞬间凝固，化作无数尖锐的暗紫色晶体，如雨点般向飞船发起攻击。柯南迅速射出量子足球试图阻挡，但足球在接触晶体的瞬间便被同化，变成暗紫色的能量体反戈一击。灰原哀见状，立刻启动希望方程式，金色的能量光束从飞船发射而出，然而能量刚一释放，就被石碑吸收并转化为更强大的攻击，让局势变得更加危急。
千钧一发之际，先天失明少女再次展现出惊人的力量。她静静地闭上双眼，双手微微颤抖，将所有孩子的希望与信念汇聚成一股纯净的意识洪流。通过脑波同步装置，这股洪流注入地幔，宛如一道耀眼的光芒，穿透黑暗。洪流所到之处，暗紫色晶体纷纷崩解，发出清脆的碎裂声，神秘人的攻击也被大大削弱。
柯南和灰原哀抓住机会，冲出飞船，向着神秘人冲去。在激烈的争夺中，神秘人揭开了自己的真实身份——他竟是来自远古文明的最后一位“守碑人”。曾经，他肩负着守护世界、封印暗碑的重任，却在新量子结构的影响下，被守门人的残余意识侵蚀，成为了邪恶力量的傀儡。“我本想守护世界，却却成了毁灭的帮凶。”神秘人在意识清醒的瞬间，眼中闪过一丝痛苦与悔恨，他将暗碑抛向柯南，用尽最后的力气喊道，“毁掉它快！”
柯南接过暗碑，与灰原哀一起将希望能量注入其中。暗碑在光芒中剧烈震颤，表面的古老符号开始扭曲、崩解，释放出的暗紫色能量与希望能量激烈碰撞。光芒越来越耀眼，最终，暗碑彻底瓦解，化作无数碎片消散在空中。神秘人也在光芒中渐渐透明，他的脸上露出了解脱的笑容，随后彻底消散，地幔中的暗紫色能量开始急速消退。
然而，当众人以为危机解除时，灰原哀的监测仪突然发出刺耳的警报。屏幕上显示，在宇宙深处，有一股更强大的暗紫色能量正在觉醒，而这股能量，似乎与平行宇宙中的某个未知存在产生了联系。那股能量如同一个巨大的漩涡，散发着令人恐惧的气息。“我们的战斗，还远远没有结束。”柯南望着深邃的宇宙，眼神中充满警惕与坚定。他知道，前方还有更艰难的挑战在等待着他们。而在地球的某个角落，一个新的暗紫色石碑碎片正悄然浮现，闪烁着诡异的光芒，预示着新的危机即将来临